L'esposizione permanente dal titolo: In Lode della Mesola, il castello, le mura, il barco, è concepita come una galleria attrezzata da modelli, testi, riproduzioni di documenti, cartografie e dipinti, con finalità didattiche e di divulgazione storico architettonico, che si sviluppa su 10 sezioni tematiche lungo un percorso ad anello tracciato attraverso le sale del primo piano del Castello Estense.
I pannelli didattici accompagnano il visitatore a contatto con la storia dell'insediamento mesolano, segnata dalla costruzione del castello e dalle mura del Barco cinquecentesco imponenti opere commissionate dal duca Alfonso II D'Este al termine dei lavori della Grande Bonificazione del Polesine di Ferrara (1566-1580 c.)